《閃亂神樂》的故事舞臺是一個如今還存在著忍者的世界，當局為了匹敵政治家與大企業(yè)雇傭的“惡忍”，成立的培養(yǎng)“善忍”的“國立半躲學(xué)院”中進學(xué)的女生們戰(zhàn)役的故事。 　　主角由五位性情各別的女忍者構(gòu)成，她們分袂是飛鳥、斑鳩、葛城、柳生、云雀，適應(yīng)了玩家的不同喜好范例。